Cumplida la primera fase de la Copa Perú 2019, los equipos campeones de los distritos de la región, a partir del domingo 12 de mayo, se enfrentarán en búsqueda de la clasificación a la Etapa Departamental.
21 equipos divididos en 6 grupos. A algunas zonas los representarán tres equipos, como es el caso de Juliaca y Puno, mientras que a otros solo uno, como es el caso del distrito de Cabanillas. A la mayoría los representarán dos, como es el caso del distrito de San Miguel.
Esta segunda etapa se cumplirá en tres fases; en la primera, los equipos se enfrentarán en sus respectivos grupo, en compromisos de ida y vuelta, de manera que solo el campeón y subcampeón avancen a la fase siguiente.
En la fase dos, los equipos campeones se enfrentarán entre ellos; el fixture se realizará bajo un sorteo. En esta parte del torneo, se jugará a eliminación simple, a fin de continuar en búsqueda de la clasificación.
Los equipos que campeonen en la segunda fase, pasarán a la tercera y última prueba, en la que se jugará en la modalidad de todos contra todos. Así se conocerá a los dos equipos que representarán a la región Puno (campeón y subcampeón).
