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La Universidad de California en San Francisco (UCSF) es parte del sistema de la Universidad de California, dedicada exclusivamente a la educación de postgrado en salud y ciencias biomédicas. Se encuentra catalogada entre las cinco mejores escuelas de medicina del país y también opera el UCSF Medical Center, clasificado entre los 10 mejores hospitales de EE.UU.

Fundada en 1873, la misión de UCSF es servir como una "universidad pública dedicada a salvar vidas y mejorar la salud." El Centro Médico de UCSF es consistentemente clasificado entre los 10 mejores hospitales de los Estados Unidos por US News & World Report, que también se clasificó su programa de cuidado médico para SIDA en primer posición en el país.

La universidad es un importante empleador local, solamente superada por el gobierno de la ciudad y condado. El campus de Mission Bay fue abierto en 2003, complementando sus instalaciones originales en Parnassus Heights. Contiene espacios e instalaciones de investigación para fomentar el estudio de la biotecnología y las ciencias de la vida.

El Hastings College of the Law de la UCSF, fundado en el Civic Center en 1878, es la escuela de derecho más antigua de California y presume el hecho de tener más jueces en el tribunal estatal que cualquier otra institución.

La Academia Culinaria de California, asociada con el programa de Le Cordon Bleu, ofrece programas en artes culinarias, cocción al horno y artes pasteleras, hospitalidad y dirección de restaurantes para los estudiantes que deseen aprender de las artes culinarias.

Fundada en 1855, la Universidad de San Francisco, una universidad privada jesuita situada en Lone Mountain, es la más antigua institución de educación superior en San Francisco y una de las universidades más antiguas al oeste del Río Mississippi. Su plan de estudios se centra en las artes liberales.

Algunos de los centros de tratamiento de UCSF incluyen trasplantes de riñón y trasplante de hígado, radiología, neurocirugía, neurología, oncología, oftalmología, terapia génica, la salud de la mujer, la cirugía fetal, pediatría y medicina interna.